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Le protocole inclut la préparation des échantillons, l'utilisation d'une chambre d'incubation conçue sur mesure pour le maintien de l'échantillon dans des conditions optimales et les instructions pour l'acquisition des images. En utilisant l'autofluorescence naturelle de la lignine contenue dans les parois, des piles d'images confocales d'échantillons de coupes de peuplier brut et pré-traités à l'eau chaude peuvent être acquises à intervalles réguliers pendant 24h d'hydrolyse enzymatique. Les paramètres d'acquisition ont été optimisés pour déterminer un compromis entre la résolution des images et la réduction du photo-blanchiment de l'échantillon. Les images 3D acquises peuvent ensuite être traitées pour extraire des informations quantitatives précises sur la déconstruction de la paroi cellulaire.

Ce protocole est un premier pas important vers l'élucidation des paramètres structuraux sous-jacents de la récalcitrance des parois végétales en permettant l'acquisition d'images de haute résolution dans le temps et l'espace. Ce travail a été réalisé dans le cadre de la thèse d'Aya Zoghlami en collaboration avec la plateforme PICT de l'URCA.

Lire : Zoghlami A, Refahi Y, Terryn C, Paës G (2020) Three-Dimensional Imaging of Plant Cell Wall Deconstruction Using Fluorescence Confocal Microscopy. Sustainable Chemistry 1, 45-85. https://doi.org/10.3390/suschem1020007

Contact : Dr Gabriel Paës, gabriel.paes@inrae.fr