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29 août 2023 - Abondance en gènes impliqués dans la dégradation de la lignocellulose

29 août 2023 - Abondance en gènes impliqués dans la dégradation de la lignocellulose

Dans le cadre du projet Novacultmic soutenu par l’Initiative Structurante Ecosphère Continentale et Côtière (EC2CO) qui est un programme coordonné par l’INSU, une étude publiée dans le journal Molecular Genetics and Genomics s’est intéressée à l’abondance en gènes fonctionnels des Acidobacteria impliquées dans la dégradation de la biomasse et de la lignocellulose hautement présente dans les sols.

Le phylum des Acidobacteria est un groupe très abondant (20-30% des communautés microbiennes dans les écosystèmes du sol) ; cependant, peu de choses sont connues sur ces microorganismes et leur capacité à dégrader la biomasse et la lignocellulose en raison de la difficulté de les cultiver. Nous avons donc étudié de manière bioinformatique le contenu des enzymes lignocellulolytiques (enzymes sécrétées totales et prédites) et des peptidases sécrétées dans une collection in silico contenant 41 génomes d'Acidobacteria.

Les résultats ont montré une abondance et une diversité élevées des familles d'enzymes totales et sécrétées actives sur les hydrates de carbone parmi les Acidobacteria par rapport aux dégradateurs antérieurs connus. En effet, l'abondance relative des CAZymes (enzymes actives sur les glucides) dans certains génomes représentait plus de 6 % des protéines codantes pour des gènes. La même observation a été faite avec les peptidases sécrétées prédites qui représentaient au moins 1,5% des protéines codantes pour les gènes dans plusieurs génomes.

Cela permet de mettre en évidence le potentiel lignocellulolytique de l'embranchement des Acidobacteria dans la dégradation de la biomasse lignocellulosique, ce qui pourrait expliquer sa forte abondance dans l'environnement.

A lire : Coluccia, M., Besaury, L. Acidobacteria members harbour an abundant and diverse carbohydrate-active enzymes (cazyme) and secreted proteasome repertoire, key factors for potential efficient biomass degradation. Mol Genet Genomics 298, 1135–1154 (2023). https://doi.org/10.1007/s00438-023-02045-x

Contact : Dr Ludovic Besaury, ludovic.besaury@univ-reims.fr

 

Date de modification : 30 août 2023 | Date de création : 28 août 2023 | Rédaction : L. Besaury / G. Paës