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Enseignant Chercheur en microbiologie, écologie microbienne et biologie moléculaire
Adresse : UMR FARE, 2 esplanade Roland-Garros, BP 224, 51686 Reims cedex 2
Ludovic

LinkedIn

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Carrière

Depuis 2017 : Maître de Conférences en microbiologie, écologie microbienne. Université de Reims Champagne Ardennes URCA, section CNU 64
•  Recherche au sein du laboratoire UMR FARE (Fractionnement des Agroressouces et Environnement) et de la Chaire AFERE (Agroressources Fermentation Enzymes) : Valorisation de la lignocellulose par des procédés microbiens en molécules à haute valeur ajout

Formation

2016 - 2017 : Post doctorat : Institut de Chimie de Clermont-Ferrand, UMR6296 Equipe SEESIB- Groupe Nuages,  Sujet : Impact des micro-organismes sur le bilan du chlorométhane atmosphérique

2015 - 2016 : Post doctorat : Sujet : Impact des micro-organismes sur le bilan du chlorométhane atmosphérique, Laboratoire GMGM Université de Strasbourg

2013 - 2015 : Post doctorat : Sujet : Impact et activité des micro-organismes sur le bilan du méthanol le long de l’estuaire du Delaware, USA. Université de Clemson

2008 – 2012 : Doctorat Biologie : Université de Rouen, UMR CNRS 6143 M2C , Sujet 

Domaines de compétences

Microbiologie environnementale et appliquée
Valorisation de la lignocellulose par des procédés microbiens
Cycles biochimiques atmosphériques et environnementaux
Étude des communautés microbiennes
Bioraffinage de biomasse
Bioinformatique et analyse génomique
Production de métabolites d'intérêt par voies microbiennes

Recherches actuelles

L’objectif de mon projet de recherche est d’identifier et de lever les verrous au fractionnement de différentes co-produits agricoles issus de biomasses lignocellulosiques. L’objectif ainsi est de procéder au fractionnement par des procédés biotechnologiques enzymatiques et/ou microbiens efficaces de ces biomasses pour la production de molécules d’intérêt (méthane, sucres fermentescibles, bioplastiques, enzymes, pigments…).

Pour mener à bien mon projet de recherche, j’utilise des approches et outils (impliquant de la biologie moléculaire, bio-informatique, microbiologie) pour mettre en place 2 axes de recherche. Ces 2 axes de recherches ciblent : 1) la compréhension mécanistique de la dégradation de la biomasse par coopération microbienne et par de nouveaux acteurs (microorganismes/enzymes lignocellulolytiques), 2) la bioconversion de la biomasse lignocellulosique en molécules d’intérêt.

Enseignements

Depuis 2017 : Enseignement entre 192 et 280 heures chaque année de cours, travaux dirigés et de travaux pratiques au niveau, licence et master en microbiologie, biologie moléculaire…

Publications principales

Cassarini M, Besaury L*, Rémond C. Valorisation of wheat bran to produce natural pigments using selected microorganisms. J Biotechnol 2021, 339:81-92. DOI

Cassarini M, Crônier D, Besaury L*, Rémond C. Protein-Rich Agro-Industrial Co-products are Key Substrates for Growth of Chromobacterium vaccinii and its Violacein Bioproduction. Waste Biomass Valoris 2022. DOI

Detain J, Rémond C, Rodrigues CM, Harakat D, Besaury L*. Co-elicitation of lignocelluloytic enzymatic activities and metabolites production in an Aspergillus-Streptomyces co-culture during lignocellulose fractionation. Curr Res Microb Sci 2022;3. DOI

Besaury L*, Rémond C. Culturable and metagenomic approaches of wheat bran and wheat straw phyllosphere’s highlight new lignocellulolytic microorganisms. Lett Appl Microbiol 2022;74(6):840-850. DOI

Belair M, Restrepo-Leal JD, Praz C, Fontaine F, Rémond C, Fernandez O, Besaury L*. Botryosphaeriaceae gene machinery: Correlation between diversity and virulence. Fungal Biology 2023;127(5):1010-1031. DOI

Restrepo-Leal JD, Belair M, Fischer J, Richet N, Fontaine F, Rémond C, Fernandez O, Besaury L*. Differential carbohydrate-active enzymes and secondary metabolite production by the grapevine trunk pathogen Neofusicoccum parvum Bt-67 grown on host and non-host biomass. Mycologia 2023;115(5):579-601. DOI

Ivaldi C, Foy C, Castex S, Vallée A, Rémond C, Besaury L*. Isolation of new Paraburkholderia strains for polyhydroxybutyrate production. Letters in Applied Microbiology 2023;76(8):ovad082. DOI

Restrepo-Leal JD, Aggad D, Fontaine F, Rémond C, Fernandez O, Besaury L*. Time-Course Carbohydrate-Active Enzyme Production of Neofusicoccum parvum and its Enzymatic Hydrolysis Performance on Wheat Straw and Grapevine Canes. Waste and Biomass Valorization 2024;1-19. DOI

Detain J, Besaury L*. Degradation of lignocellulose by different bacterial and fungal co-cultures. Current Research in Microbial Sciences 2024;100271. DOI

Molla AA, Mishyn V, Bernet N, Bouchez T, Besaury L*, Abdellaoui S*. Harnessing Lignocellulolytic and Electrogenic Potential: Insights from Shewanella oneidensis MR-1 and Cellulomonas Strains on Lignocellulosic Biomass. Journal of The Electrochemical Society 2024. DOI

Encadrement de thèses de doctorat

Octobre 2024 : Co-encadrement de Pauline Leleux Sujet : Colorbiomass = Synthèse microbienne de pigments à partir de biomasse lignocellulosique

Février 2024 : Co-encadrement d’Animut Assefa, Sujet : eLIGNOMIC = Détermination du potentiel électrogène de communautés microbiennes lignocellulolytiques

Septembre 2021 : Co-encadrement de Julian Restrepo Sujet : OPENZYM = Optimisation de la production et de la purification d’effecteurs de Botryosphaeriacées pour maîtriser leur phytopathogénicité et exploiter leurs enzymes pour le bioraffinage du végétal

Septembre 2019 – Mars 2023 : Co-encadrement de Mathieu Cassarini, Sujet: PIGMENTS = Étude de la production de pigments naturels par voies microbiennes lors du fractionnement de la biomasse

Autres activités

Responsabilités Collectives
Depuis 2025 : Membre du conseil de gestion du département TRANSFORM (INRAE)
Depuis 2023 : Membre du conseil d’unité de l’UMR FARE et du comité de direction de l’UMR FARE
Depuis 2023 : Animateur scientifique de l’UMR FARE
Depuis 2021 : Suppléant Commission Formation Continue et Débouchés au sein de l’URCA
Depuis 2018 : Membre de plusieurs cellules fonctionnelles de l’UMR FARE (bibliométrie, développement durable, informatique

Science Grand Public / Vulgarisation
Depuis 2017 : Participation à la Fête de la science, accueil de lycéens au sein de l’UMR FARE)

Responsabilités Scientifiques
Depuis 2022 : Editorial Board des journaux scientifiques «Frontiers in Microbiology » « Biology »
Depuis 2022 : Membre du COST CA20127 - Waste biorefinery technologies for accelerating sustainable energy processes et de la Société Françaie de Microbiologie
Depuis 2017 : Reviewer (7-8 par an) pour Frontiers in Microbiology, Current Microbiology, Plos One, IJSEM, Plant and Soil, Fermentation, Geomicrobiology, Scientific reports 

Expertise
2024 : Expertise pour le NSERC (Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada)
2023 : Comité de sélection (COS) pour le recrutement d'un Maître de conférences 64/66 pour le laboratoire UCEIV – ULCO (Université du Littoral Côte d’Opale)
2022 : Expertise: National Research and Development Agency (ANID) of the Ministry of Science, Technology, Knowledge : FONDECYT Chili
2022 : Expertise pour AAP Labex UMR ARBRE , Nancy
2021 : Expertise pour AAP INRAE CNRS carbone
2018 : Examinateur pour la thèse de Laurent Bleuze « Modélisation du rouissage de fibres de lin ou de chanvre in-situ » : Université de Reims Champagne Ardennes