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Carrière

Depuis 2017 : Chargé de recherche INRAE, Reims (UMR FARE)

2014 - 2017 : Chercheur postdoctoral, Sainsbury Laboratory, University of Cambridge, UK

 2012 - 2014 : Jeune Scientifique, École Normale Supérieure (ENS) Lyon, France & Sainsbury  Laboratory, University of Cambridge, UK

Formation

2008 - 2012 : Doctorat en informatique, Université de Montpellier 2, Modélisation multi-échelle des perturbations de phyllotaxie d’Arabidopsis thaliana, sous la direction de Christophe Godin, Etienne Farcot (INRIA) et Jan Traas (ENS Lyon)

 2007 - 2008 : Master 2 recherche d’informatique,  Modélisation par le logiciel, Université de Lorraine, Metz.

Domaines de compétences

Modélisation multi-échelles des processus biologiques
Traitement d'image 4D (3D + temps) - techniques numériques

Recherches actuelles

 J’utilise une combinaison de la modélisation 4D (espace + temps) multi-échelles et de traitement d’image 4D (espace + temps) à fin d’améliorer notre compréhension de la déconstruction de la biomasse lignocellulosique.

Enseignements

Plus de 120 heures d'enseignement à l'Université de Montpellier 2 en France, à l'Université de Cambridge au Royaume-Uni, et à l’université Université de Reims Champagne-Ardenne.

Publications principales

Hossein Khani, S., Ould Amer, K., Remy, N., Lebas, B., Habrant, A., Faraj, A., ... & Refahi, Y. (2024). A Distinct Autofluorescence Distribution Pattern Marks Enzymatic Deconstruction of Plant Cell Wall. bioRxiv, 2024-12. (co-corresponding author) DOI

Refahi, Y., Zoghlami, A., Viné, T., Terryn, C., Paës, G., 2024. Plant cell wall enzymatic deconstruction: Bridging the gap between micro and nano scales. Bioresource Technology 414, 131551. DOI

Kar, A., Petit, M., Refahi, Y., Cerutti, G., Godin, C., & Traas, J. (2022). Benchmarking of deep learning algorithms for 3D instance segmentation of confocal image datasets. PLoS computational biology, 18(4), e1009879. DOI

Refahi, Y., Zardilis, A., Michelin, G., Wightman, R., Leggio, B., Legrand, J., ... & Traas, J. (2021). A multiscale analysis of early flower development in Arabidopsis provides an integrated view of molecular regulation and growth control. Developmental Cell, 56(4), 540-556. (co-corresponding author) DOI

Fal, K., Korsbo, N., Alonso-Serra, J., Teles, J., Liu, M., Refahi, Y., ... & Hamant, O. (2021). Tissue folding at the organ–meristem boundary results in nuclear compression and chromatin compaction. Proceedings of the National Academy of Sciences, 118(8), e2017859118. DOI

Zoghlami, A., Refahi, Y., Terryn, C., & Paës, G. (2020). Three-dimensional imaging of plant cell wall deconstruction using fluorescence confocal microscopy. Sustainable Chemistry, 1(2), 75-85. DOI

Zoghlami, A., Refahi, Y., Terryn, C., & Paës, G. (2019). Multimodal characterization of acid-pretreated poplar reveals spectral and structural parameters strongly correlate with saccharification. Bioresource technology, 293, 122015. DOI

Willis, L.*, Refahi, Y.*, Wightman, R., Landrein, B., Teles, J., Huang, K. C., ... & Jönsson, H. (2016). Cell size and growth regulation in the Arabidopsis thaliana apical stem cell niche. Proceedings of the National Academy of Sciences, 113(51), E8238-E8246. *Co-first author DOI

Refahi, Y., Brunoud, G., Farcot, E., Jean-Marie, A., Pulkkinen, M., Vernoux, T., & Godin, C. (2016). A stochastic multicellular model identifies biological watermarks from disorders in self-organized patterns of phyllotaxis. Elife, 5, e14093. DOI

Besnard, F., Refahi, Y., Morin, V., Marteaux, B., Brunoud, G., Chambrier, P., ... & Vernoux, T. (2014). Cytokinin signalling inhibitory fields provide robustness to phyllotaxis. Nature, 505(7483), 417-421. DOI

Encadrement de thèses de doctorat

Aya Zoghlami, 2019 (co-encadrement avec Gabriel Paës et Christine Terryn)
Solmaz Hossein Khani, 2022 - 2025 (co-encadrement avec Gabriel Paës)
Anna Kestel, 2024 - 2025 (co-encadrement avec Grégoire Malandain et Gabriel Paës)